1.支持多種硬件平臺
由于嵌入式設備硬件平臺的多樣性，CPU芯片的快速更新，嵌入式操作系統要求支持常用的嵌入式CPU，如X86, ARM, MIPS, POWERPC等，并具有良好的可移植性。另外還需要支持種類繁多的外部設備。Linux支持以上幾乎所有的主流芯片，并且還在不斷的被移植到新的芯片上。而在這方面，WinCE顯然差得很遠。
2.占有較少的硬件資源
由于多數嵌入式系統具有成本敏感性，處理器速度較低 ，存儲器空間較少，這要求嵌入式OS體積小，速度快。Linux體系結構比較靈活，易于裁減，可以小到2M flash，4M RAM。而WinCE對資源的要求更高。
3.高可定制性
由于不同的嵌入式應用對系統要求各不相同，這要求嵌入式OS具備高可定制性，能夠根據需要方便的增加和減少各項功能模塊。這一點對于嵌入式領域至關重要，而Linux由于圖形系統不在內核中，且支持模塊機制，內核可根據需要加入或去掉功能。其外圍工具擁有眾多選擇，更由于可以自由修改源代碼，具有極強的可定制性。而WinCE/Windows根本無法做到這一點。
4.具有實時處理能力
實時應用分為硬實時和軟實時兩大類，嵌入式OS需要明確是否支持實時和支持哪一類實時應用，需要提供最壞情況響應時間為多長。Linux和WinCE/Windows最初設計時都沒有考慮實時應用，但眾多的實時Linux項目已使Linux具備了硬實時和軟實時處理能力，硬實時有RT-Linux和RTAI，而2.6中加入了可搶占核心，使得Linux具備了軟實時處理能力，此外還有Timsys和Montavista等實時Linux實現。Linux自由開發模式的優點得到了充分的體現。Windows雖然也有第三方提供類似于RT-linux的實時功能，但由于微軟未提供這方面的支持，也由于Windows可靠性不能滿足要求，很少有人在實時領域使用Windows。但RT-linux已經在美國航天部門，印度軍方等得到了廣泛應用。還有Montavista,Timsys的實時Linux都有很多成功案例。
5.具備強大的網絡功能
現在，越來越多的嵌入式設備需要具備網絡功能。這要求嵌入式OS支持常用的網絡協議和可靠的網絡功能。Linux的網絡功能經過幾次改進，其效率，功能都很突出。且具有眾多的網絡工具，支持幾乎所有常見的網絡協議。這些使得Linux在網絡設備中倍受青睞，很多防火墻，低端路由器等中使用的都是Linux。而未聞WinCE/windows在這方面有什么應用。
6.高安全性和高可靠性
嵌入式設備往往對安全性和可靠性要求很高，這要求作為基礎軟件的嵌入式OS具有高安全性和高可靠性。如骨干網的路由器，交換機等。Linux的可靠性是經過實踐檢驗的，并進一步向高端發展，沖擊Vxworks, Unix的市場。安全性方面Linux病毒極少，并擁有眾多安全增強，有的安全增強Linux達到了B1級別(紅旗RFSOS通過了國家GB17859第三級，等同于TCSEC B1級)。而Windows病毒眾多，漏洞不斷，雖然微軟大力宣傳其通過了CC標準EAL4級，但是需要說明的是，EAL4僅僅說明Windows在多大程度上滿足了它的安全目標，顯然更為重要的是這個目標是什么，事實上，它通過的是CAPP的EAL4級，仍然相當于TCSEC C2級，Win2000的可靠性比起98等來說有了明顯提高，但尚不足以向高端沖擊，其安全性問題也會大大影響它的可靠性，這二者是緊密聯系的，不能孤立討論。
7.具有完善的嵌入式GUI和嵌入式瀏覽器
面向用戶的嵌入式終端設備如Smart Phone等，都要求嵌入式OS具有功能完善，控件豐富的嵌入式GUI，并支持功能強大的嵌入式瀏覽器。在這方面WinCE有完善的解決方案，Linux也有QT/Embedded等GUI，Opera等嵌入式瀏覽器，擁有眾多的選擇。
8.實現嵌入式日志文件系統，具備斷電保護能力。
這些功能Linux和Windows都能達到。
9.能夠提供完善的開發工具集。
Linux下的開發工具眾多，但不如Windows開發工具易用。不過Windows的開發工具不是為嵌入式領域設計的，功能也不完善。
10.能夠快速啟動
啟動速度二者差不多，但很多嵌入式設備并不需要圖形界面，且由于Linux有源代碼，在硬件固定的情況下可以加速啟動，這時Linux就比WinCE/Windows啟動快多了。
通過以上分析，可以很清楚地看到，總體比較而言，在嵌入式領域Linux比WinCE/Windows具有明顯優勢。正因為如此，嵌入式Linux比WinCE/Windows應用領域要廣泛的多。WinCE的優勢在于PC衍生產品，如Pocket PC，高端PDA等。但在其他眾多的嵌入式領域中，WinCE就并不適合了。
如果是為了學習，好玩，我選擇linux。如果我周圍有一個開發團隊，選擇linux。
如果我是單槍匹馬或是人員有限，能盡快地開發產品，選擇winCE。